Медицинские учреждения на территории г. Свободного, как и на всей территории Амурской области, зарождались в начале века. Пер­вый медицинский пункт в с. Суражевка был создан в 1912 г., первая переселенческая больница — в 1913 —1914 гг. К 1930 г. организован округ, а вместе с ним образован окружной отдел здравоохранения, ко­торый к концу того же года преобразован в райздравотдел. Коечный фонд лечебных учреждений в этот период составлял 65 коек. Числен­ность населения города и района составляла около 40 тыс. человек.

На период вспышки сыпного тифа в 1934 г. была развернута коеч­ная сеть до 300 коек.

Санитарно-гигиенические и противоэпидемические мероприятия проводились вра­чами и средними медицинскими работниками лечебной сети. И только в 1934 г. в структуре райздравотдела впервые выделена должность госсанинспектора.

В 1935 г. в г. Свободном был организован горздравотдел, а в 1937г. в г.Свободном была организована первая санитарно-эпидемиологи­ческая станция на Дальнем Востоке. Станция должна была обслуживать Мазановский и Серышевский районы. Необходимость образования учреждения на данной территории и именно в это время обусловлена тем, что начинались массовые репрессии, начинался БАМЛАГ, а г. Свободный превращен в его столицу. Массовые перемещения людей, их пребыва­ние в условиях, способствующих возникновению вспышек и эпидемий, требовали контроля со стороны специалистов санитарно-гигиеничес­кого и  противоэпидемиологического профиля.

До 1949 г. в Свободненском горздравотделе функционировал отдел госсанинспекции. В то время штат отдела состоял из главного госсанинспектора, 2-х фельдшеров — помощников по эпидемиологическим вопросам, дезинфектора. Отдел имел одну лошадь для обслуживания очагов. Распыление дезинфицирующих средств проводилось вручную, при помощи веника. Главным госсанинспектором был Князевский Вик­тор Владимирович.

С 18 августа 1949 г. главным врачом городской санэпидстанции назначена Усачева Т. Г., штат СЭС в этот период составлял 15 человек, в том числе: главный врач, врач-эпидемиолог, врач бактерио­лог, 3 лаборанта, 3 помощника санитарного врача, вакцинатор, дезинфек­тор, санитарка и прочий персонал.

С февраля 1950 г. в штат СЭС введена должность инструктора по санитарно-просветительной работе. С начала 50-х годов в структуре санэпидслужбы имелся молочно-контрольный пункт, который размещал­ся на рынке в городе.

В 1951 г. в структуре СЭС также был образован отдел профилакти­ческой дезинфекции, который приобрел за свой счет первый автомобиль «Мос­квич».

В этот период для специалистов санэпидстанции была обычной ра­бота в очагах дифтерии, брюшного и сыпного тифа. В октябре 1958 г. специалисты СЭС участвовали в ликвидации очага сибирской язвы в г. Свободном. Принимали участие и в проведе­нии противоэпидемических мероприятий на территории Сковородинского,  Мазановского районов и г. Шимановска.

В январе 1963 г. из состава городской санэпидстанции была выделе­на Свободненская районная СЭС со штатом 7,5 единицы. В 1989г.  была переведена в объединенную санэпидстанцию по г. Свободному и Свободненскому району, затем последовала её реорганизация в Центр Госсанэпиднадзора в г. Свободном.

  В 2005  в территориальный отдел Управления Роспотребнадзора по Амурской области в городах Свободном, Шимановск, Свободненском, Шимановском, Мазановском и Селемджинском районах.

Главными санитарными врачами в разные годы были:Таскаева П.В., Веризумская М.Х., Шабалин А.Я., Стапаненко В.В., Вернер В.В.,Солохина В.А.. С 2016 года территориальный отдел возглавляет Журков А.П.